Fazla çalışma yaptığını iddia eden işçi bu iddiasını ispatla yükümlüdür. Ücret bordrolarına ilişkin kurallar burada da geçerlidir. İşçinin imzasını taşıyan bordro sahteliği ispat edilinceye kadar kesin delil niteliğindedir. Bir başka anlatımla bordron’un sahteliği ileri sürülüp kanıtlanmadıkça, imzalı bordroda görünen fazla çalışma alacağının ödendiği varsayılır.
Fazla çalışmanın ispatı konusunda iş yeri kayıtları, özellikle iş yerine giriş çıkışı gösteren belgeler, iş yeri iç yazışmaları, delil niteliğindedir. Ancak, fazla çalışmanın bu tür yazılı belgelerle kanıtlanamaması durumunda tarafların dinletmiş oldukları tanık beyanları ile sonuca gidilmesi gerekir. Bunun dışında herkesçe bilinen genel bazı vakıalar da bu noktada göz önüne alınabilir. İşçinin fiilen yaptığı işin niteliği ve yoğunluğuna göre de fazla çalışma olup olmadığı araştırılmalıdır.
İmzalı ücret bordrolarında fazla çalışma ücreti ödendiği anlaşılıyorsa, işçi tarafından gerçekte daha fazla çalışma yaptığının ileri sürülmesi mümkün değildir. Ancak, işçinin fazla çalışma alacağının daha fazla olduğu yönündeki ihtirazi kaydının bulunması halinde, bordroda görünenden daha fazla çalışmanın ispatı her türlü delille söz konusu olabilir. Buna karşın, bordroların imzalı ve ihtirazi kayıtsız olması durumunda dahi, işçinin geçerli bir yazılı belge ile bordroda yazılı olandan daha fazla çalışmayı yazılı delille kanıtlaması gerekir. İşçiye bordro imzalatılmadığı halde, fazla çalışma ücreti tahakkuklarını da içeren her ay değişik miktarlarda ücret ödemelerinin banka kanalıyla yapılması durumunda da ihtirazi kayıt ileri sürülmemiş olması, ödenenin üzerinde fazla çalışma yapıldığının yazılı delille ispatlanması gerektiği sonucunu doğurmaktadır.
İş yerinde en üst düzey konumda çalışan işçinin görev ve sorumluluklarının gerektirdiği ücretinin ödenmesi durumunda ayrıca fazla çalışma ücretine hak kazanamaz. Bununla birlikte üst düzey yönetici konumunda olan işçiye aynı yerde görev ve talimat veren bir yönetici ya da şirket ortağı bulunması durumunda, işçinin çalışma gün ve saatlerini kendisinin belirlediğinden söz edilemeyeceğinden yasal sınırlamaları aşan çalışmalar için fazla çalışma talep hakkı doğar. O halde üst düzey yönetici bakımından şirketin yöneticisi veya yönetim kurulu üyesi tarafından fazla çalışma yapması yönünde bir talimatın verilip verilmediğinin de araştırılması gerekir. İş yerinde yüksek ücret alarak görev yapan üst düzey yöneticiye işveren tarafından fazla çalışma yapması yönünde açık bir talimat verilmemişse, görevinin gereği gibi yerine getirilmesi noktasında kendisinin belirlediği çalışma saatleri sebebiyle fazla çalışma ücreti talep edemeyeceği kabul edilmelidir.
Satış temsilcilerinin fazla çalışma yapıp yapmadıkları hususu, günlük faaliyet planları ile iş çizelgeleri de dikkate alınarak belirlenmelidir. Genelde belli hedeflerin gerçekleşmesine bağlı olarak prim karşılığı çalışan bu işçiler yönünden prim ödemelerinin fazla çalışmayı karşılayıp karşılamadığı araştırılmalıdır. İşçiye ödenen satış priminin fazla çalışmaların karşılığında ödenmesi gereken ücretleri tam olarak karşılamaması halinde aradaki farkın işçiye ödenmesi gerekir. İş sözleşmelerinde fazla çalışma ücretinin aylık ücrete dahil olduğu yönünde kurallara sınırlı olarak değer verilmelidir.
Günlük çalışma süresinin 11 saati aşamayacağı Kanunda emredici şekilde düzenlendiğine göre, bu süreyi aşan çalışmaların denkleştirmeye tabi tutulamayacağını ve zamlı ücret ödemesi veya serbest zaman kullanımının söz konusu olacağı kabul edilmelidir. Yine işçilerin gece çalışmaları günde yedi buçuk saati geçemez (m.69/3). Bu hal de günlük çalışmanın, dolayısıyla fazla çalışmanın bir sınırını oluşturur. Gece çalışmaları yönünden haftalık 45 saat olan yasal çalışma sınırı aşılmamış olsa da günde 7.5 saati aşan çalışmalar için fazla çalışma ücreti ödenmelidir. Dairemizin kararı bu yöndedir (Yargıtay 9.HD. 23.6.2009 gün 2007/ 40862 E, 2009/ 17766 K). Fazla çalışma yönünden diğer bir yasal sınırlama da, İş Kanununun 41. maddesinde yazılı olan fazla çalışma süresinin toplamı bir yılda iki yüz yetmiş saatten fazla olamayacağı şeklindeki hükümdür. Ancak bu sınırlamaya rağmen işçinin daha fazla çalıştırılması halinde, bu çalışmalarının karşılığı olan fazla mesai ücretinin de ödenmesi gerektiği açıktır. Yasadaki sınırlama esasen işçiyi korumaya yöneliktir. Yargıtayın kökleşmiş uygulaması bu yöndedir (Yargıtay 9. HD. 18.11.2008 gün 2007/32717 E, 2008/31210 K.). Fazla çalışmanın yazılı delil ya da tanıkla ispatı imkan dahilindedir. İş yerinde çalışma düzenini bilmeyen ve bilmesi mümkün olmayan tanıkların anlatımlarına değer verilemez. Fazla çalışmanın belirlenmesinde 4857 sayılı İş Kanununun 68. maddesi uyarınca ara dinlenme sürelerinin dikkate alınması gerekir.
Fazla çalışmaların uzun bir süre için hesaplanması ve miktarın yüksek çıkması halinde Yargıtayca son yıllarda indirim yapılması gerektiği istikrarlı uygulama halini almıştır (Yargıtay, 9. HD. 18.7.2008 gün 2007/ 25857 E, 2008/ 20636 K., Yargıtay 9. HD. 28.4.2005 gün 2004/ 24398 E, 2005/ 14779 K. ve Yargıtay 9. HD. 9.12.2004 gün 2004/11620 E, 2004/ 27020 K.). Fazla çalışma ücretinden indirimi öngören bir yasal düzenleme olmasa da, bir işçinin günlük normal çalışma süresinin üzerine sürekli olarak fazla çalışma yapması hayatın olağan akışına aykırıdır. Hastalık, mazeret, izin gibi nedenlerle belirtilen şekilde çalışılamayan günlerin olması kaçınılmazdır. Böyle olunca fazla çalışma ücretinden bir indirim yapılması gerçek duruma uygun düşer. Fazla çalışma ücretinden indirim, taktiri indirim yerine, kabul edilen fazla çalışma süresinden indirim olmakla, davacı tarafın kendisini avukat ile temsil ettirmesi durumunda reddedilen kısım için davalı yararına avukatlık ücretine hükmedilmesi gerekir. Ancak, fazla çalışmanın taktiri delil niteliğindeki tanık anlatımları yerine, yazılı belgelere ve işveren kayıtlarına dayanması durumunda böyle bir indirime gidilmemektedir.